Cas pratique

MultiOmics — du questionnaire aux sorties exactes

Comme le cas pratique PMx, on suit ici un projet complet. La différence importante : les tableaux et figures ci-dessous ne sont pas recopiés à la main. Cette page relance directement les mêmes données synthétiques, la même configuration et le même moteur que le bouton « Multi-omiques » de l’outil.

Données synthétiques · exploration navigateur · aucune conclusion clinique ou biomarqueur validé.

Données → réponses au questionnaire → méthode sélectionnée → sorties exactes → figures → interprétation → analyse R de référence

Ouvrir exactement ce cas dans Tool Méthodologie générale

1 · Le jeu de données

Le cas simule une intervention avec 8 sujets, 4 contrôles et 4 traités. Chaque sujet est mesuré à T0 et T12 dans les trois couches omiques. Un réplicat technique RNA supplémentaire est présent pour P007 à T12.

Calcul de la démonstration avec le moteur MultiOmics…

Voir quelques lignes du tableau des échantillons

subject_id	sample_id	omic	condition	timepoint	batch	technical_replicate

2 · Les réponses que l’utilisateur doit fournir

Le bouton de démonstration remplit automatiquement ces réponses. Dans une vraie étude, ce sont elles qui déterminent la branche statistique ; MultiOmics ne doit pas deviner le plan expérimental à partir des valeurs moléculaires.

Question	Réponse affichée	Valeur utilisée par le moteur
Cadre de l’étude	Intervention clinique	`clinical_interventional`
Unité biologique	Participant / sujet	`participant`
Plan	Mesures répétées	`repeated`
Objectif principal	Évolution dans le temps	`time`
Groupes	2	`2`
Temps	2 (T0, T12)	`2`
Même prélèvement entre omiques ?	Oui	`same_specimen`
Réplicats techniques attendus ?	Oui	`yes`
Batch connu ?	Oui	`yes`
Omiques partielles attendues ?	Non	`no`
Transcriptome	Comptages bruts · symboles de gènes	`raw_counts`
Protéome	Intensités log · UniProt	`log_intensity`
Métabolome	Aires de pics · ChEBI	`peak_area`
Confiance d’identification métabolomique	Mixte / inconnue	`mixed_unknown`
Niveau d’analyse	Exploratoire navigateur	`exploratory`
Services externes	Désactivés dans la démo	`Reactome / mapping = off`

3 · Quel test l’outil choisit-il ?

Le choix du test apparaîtra après le calcul.

4 · Sorties numériques exactes de Tool

Les p/q de référence sont affichées « non calculé » lorsqu’elles ne sont pas validées dans le navigateur. Les colonnes p*/q* montrent séparément l’approximation navigateur, avec correction BH appliquée aux p*. Ces valeurs exploratoires sont affichées en notation scientifique lorsqu’elles sont petites et doivent être rejouées sous R pour l’inférence de référence.

5 · Comment interpréter ces sorties ?

6 · Comprendre chaque figure

Chaque figure répond à une question différente. Elles utilisent les mêmes résultats que Tool mais ne constituent pas trois tests statistiques supplémentaires.

SortieExemple de sortieMéthodeInterprétation / utilitéLimite

Heatmap Sujets T0/T12 ordonnés avec les variables les plus informatives. Valeurs d’affichage transformées ; réplicats techniques moyennés ; z-score par variable. Vérifier la structure globale, les groupes/temps, les réplicats et les éventuels échantillons atypiques. La couleur n’est ni un fold change ni une p-value ; une séparation visuelle n’est pas un test.

Metabologramme STAT1 / IDO1 / KYNU ↔ L-tryptophane / L-kynurénine Effets RNA et métabolites replacés dans des régions biologiques connues ; amplitude normalisée séparément par couche. Repérer une convergence de direction entre couches et choisir les voies à investiguer. Présence sur une voie ≠ enrichissement, activité enzymatique ou flux.

Réseau ciblé La région tryptophane–kynurénine est sélectionnée automatiquement ici car elle contient plusieurs signaux mesurés. Appariement strict des identifiants vers un catalogue curé, sélection automatique des régions mesurées, puis affichage du voisinage à 0–2 sauts. Comprendre où se situent les signaux mesurés et quels voisins biologiques donnent du contexte. Catalogue non exhaustif ; une voie absente n’est pas inventée. Protéomique non projetée directement à ce jour.

Préparation des figures…

7 · Intégration inter-omique : que peut-on réellement dire ?

8 · Ce qui est exploratoire, et ce qu’il faut refaire pour un article

Cette démo sert à comprendre le flux et à vérifier visuellement les résultats. Pour une étude réelle, le ZIP de recherche fourni par Tool doit être conservé avec les données, paramètres et provenance, puis le code R de référence doit être exécuté pour l’inférence univariée destinée à une publication. Pour l’intégration inter-omique, il faut en plus un effectif adapté et des relations préspecifiées ou validées sur des données indépendantes ; les corrélations 4+4 de cette démo ne doivent pas être reproduites comme une analyse confirmatoire.

Rejouer ce cas dans Tool Comprendre chaque méthode